Os objetivos para os quais a Fundação Procafé foi criada, e procura até hoje seguir, surgiram da necessidade de preservar e ativar o patrimônio tecnológico do ex-IBC, constituído de banco genético, laboratórios, fazendas experimentais e do corpo técnico (com toda sua experiência de mais de 30-40 anos) nas atividades de pesquisa e difusão de tecnologia cafeeira.

No ano de 1992 foi encerrada a fase de extinção do IBC, com a distribuição de patrimônio e remanejamento de pessoal para outras Instituições do Governo Federal. Nesse processo, lutou-se para que o Ministério da Agricultura ficasse com a maior parte dos imóveis e do recurso humano, antes ligado ao setor da produção cafeeira do ex-IBC. Esse era considerado um caminho natural, pois o corpo técnico constituía-se de Engenheiros Agrônomos e Técnicos Agrícolas, portanto vocacionados para a agricultura.

A luta continuou dentro do MAPA, agora para que o corpo técnico, especializado em cafeicultura, pudesse permanecer atuando em apoio ao setor. Isso somente foi possível mediante a criação do Procafé - Programa Integrado de Apoio à Tecnologia Cafeeira, através de instrumento de convênio, firmado entre o MAPA e as instituições CNA-CNC, pelo qual os técnicos eram colocados junto às Cooperativas e Associações de Cafeicultores. Este convênio com vigência inicial de 5 anos foi prorrogado por igual período, de onde foram alcançados bons resultados, até que o MAPA promoveu os seus Engenheiros Agrônomos em Fiscais Agropecuários.

Com a diminuição do corpo técnico, nas diversas regiões cafeeiras, foi preciso maior concentração de esforços, voltados para a pesquisa e difusão de tecnologia, levando à criação da Fundação Procafé em 2001, sucedendo e aperfeiçoando o mecanismo do programa do Procafé, agora com maior atuação em Minas Gerais, especialmente no Sul de Minas Gerais- maior região produtora de café do País.

Nos mesmos moldes do Procafé original, a Fundação foi criada congregando Cooperativas, Sindicatos e Associações de cafeicultores, para assumir funções de apoio tecnológico à cafeicultura, com base no acervo do ex-IBC, primeiramente com o uso da Fazenda Experimental de Varginha e das instalações e laboratórios a ela ligados, e, em continuidade, com a agregação de novos campos experimentais, mediante convênios ou comodatos.