Com a extinção do IBC - Instituto Brasileiro do Café, em 1990, todo o acervo tecnológico, composto de técnicos, campos experimentais, laboratórios e escritórios ligados à produção cafeeira foram transferidos ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento -MAPA.

Ao final de 1992, parte desse acervo foi disponibilizado pelo MAPA através de convênio com Cooperativas e Associações de Produtores, criando assim, o PROCAFE - Programa de Apoio Tecnológico à Cafeicultura.

Esse programa deu continuidade aos trabalhos de pesquisa e difusão de tecnologia, especialmente no Sul de Minas, onde o pólo se constituiu na Fazenda Experimental de Varginha.

Em 2001, o PROCAFE ainda vigente, dá lugar a um novo mecanismo com a criação da FUNDAÇÃO PROCAFE, esta com objetivos semelhantes, porém com maior facilidade administrativa e financeira, possibilitando manter e ampliar os trabalhos do MAPA/PROCAFÉ.

Em 2004, a Fundação Procafé celebrou Contrato de Cessão com a Gerência Regional do Patrimônio da União, onde esta oficializou a cessão gratuita da Fazenda Experimental de Varginha e de salas no prédio onde está localizada a sede administrativa e de pesquisa.

Em 2005, foi firmado um Termo de Cooperação com a CAPEBE (Cooperativa de Boa Esperança), onde a Fundação Procafé passou a administrar o campo, hoje denominado Fazenda Experimental de Boa Esperança.

A partir de 2006, a Fundação Procafé passou a efetivar convênios com outros campos e instutuições, o que faz da Fundação Procafé ser reconhecida com excelência em pesquisa cafeeira e difusão tecnológica.

No ano de 2011, a FUNDAÇÃO PROCAFÉ comemora 10 anos de pesquisa e difusão de tecnologia com qualidade!